Separar el programa de la estructura de la iglesia de Bagsvaerd es muy difícil ya que ambos se complementan para poder enriquecer el espacio interior y exterior. A primera vista el complejo se ve como algo cerrado, esto en parte es por que la relación de una iglesia con el exterior no es muy abierta para crear un espacios más íntrospectivos. Sin embargo, esto que lo hace encerrado es la estructura que funciona a través de muros conectados por trabes y terminan en columnas, o en otro muro, haciendo marcos rígidos que además cumplen tres funciones: detienen la cubierta curveada de la iglesia, permiten iluminación natural por la parte superior y crean un ambulatorio. De esta manera son estructura y programa a la ves. 
Al ir incrementando la altura de la capilla, se aprovecha el espacio que genera la estructura de diferentes maneras, dándole un poco de versatilidad. Aunque el espacio de los muros que circundan la capilla es un espacio continuo en algunas partes, en otras es interrumpido creando una losa. Este espacio más elevado puede dar lugar a actividades tales como el coro o un espacio para el órgano.
En las fotos superiores se puede ver como el carácter cerrado del exterior cambia en el interior permitiendo la entrada de luz natural.
En las fotos inferiores se puede ver al fondo, el coro que se va creando dentro de la misma estructura, y del otro lado se encuentra el órgano que también esta dentro de la estructura.
diagrama de estructura: muros perimetrales
El programa es principalemente la capilla y las oficinas, estas están separadas y se nota a simple vista desde el exterior por la altura o en el corte. La cubierta que va ascendiendo da lugar a la capilla mientras que la cubierta uniforme
oficinas capilla
Otros elementos que conforman la configuración del espacio son los dos patios. Uno se encuentra en el acceso a la capilla para recibir a la gente y el otro se encuentra en la parte de las oficinas.
patios
La estructura y el programa de la iglesia se van complementando y hace imposible saparar los dos. Esto definitivamente debe ser un factor a considerar al escoger una estructura: debe hacer que funcione mejor el programa. Tanto el programa debe integrar la estructura como la estructura integra el programa.